Bagaikan dua sisi mata uang yang saling kontradiktif, demikian pula yang berlaku pada penelitian online. Selain memiliki sejumlah nilai tambah yang membuat metode penelitian ini banyak diminati juga terdapat beberapa kekurangan. Hal ini tak pelak menjadi sisi negatif dan merupakan suatu kelemahan yang membuatnya rentan. Namun tidak ada yang perlu dikhawatirkan sepanjang langkah antisipasi telah disiapkan jika seandainya berhadapan dengan masalah yang dipicu oleh kekurangan dari penelitian online itu sendiri antara lain :
- Jawaban Tidak Lengkap: responden mungkin akan mengirimkan jawaban yang tidak lengkap dikarenakan beberapa penyebab, di antaranya ialah dia sengaja mengisi jawaban-jawaban yang menarik baginya saja atau ketika dia sedang mengisi jawaban, sambungan Internetnya putus. Kelemahan ini dapat diatasi dengan menggunakan script CGI yang berfungsi menolak jawaban responden yang tidak lengkap.
- Jawaban-Jawaban yang Tidak Dapat Diproses: responden memberikan jawaban yang tidak dapat diproses, misalnya seharusnya dia mengisikan angka tapi yang dimasukkan adalah teks. Kelemahan ini dapat diatasi dengan menggunakan script CGI yang berfungsi mengingatkan responden agar mengirimkan kuesioner yang dijawab secara benar.
- Pengiriman Jawaban Berulang-Ulang: responden yang belum berpengalaman di dunia Internet dapat dengan tidak sengaja mengirimkan formulir lebih dari satu kali. Hal ini dapat terjadi karena merasa tidak yakin jika hanya melakukan satu “klik” pada tombol kirim. Kelemahan ini dapat diatasi dengan sript CGI yang hanya memroses kuesioner yang dikirim oleh responden pertama kali saja.
- Keamanan dan Integritas Data: Beberapa kelemahan yang paling rawan di Internet ialah tidak ada satupun cara yang dapat mencegah orang untuk mengkases web site berisi kuesioner penelitian tersebut, menjawab pertanyaannya dan mengirimkan ke server tujuan. Cara mengatasi ini ialah dengan memasang password yang handal sehingga mengurangi resiko diisi oleh orang yang tidak diinginkan. Orang juga dapat mengirimkan data ke server kita yang bersisi data jawaban responden; oleh karena itu server harus dibekali dengan program yang dapat menolak pengiriman formulir yang bukan berasal dari server asal / resmi. Banyak orang dengan mudah dapat melihat sumber program HTML untuk pembuatan kuesioner tersebut. Kemungkinan masalah keperawanan yang ditimbulkan ialah mereka menggunakan variable-variabel sama dengan pertanyaan-pertanyaan yang berbeda dengan tujuan mengacaukan data kita kemudian dikirim ke server di mana jawaban responden diproses. Hal ini dapat diatasi dengan menggunakan Script CGI yang dapat mengidentifikasi kuesioner yang dikirim apakah berasal dari server resmi kita atau server yang lain.
- Validitas Data: ada kecenderungan bagi para pengguna Internet (netter) untuk tidak memberikan data demografi yang benar dalam pembuatan email ataupun data lainnya, hal ini berakibat membuat hasil penelitian tidak dapat digeneralisasi. Itulah sebabnya, penelitian di Internet lebih cocok ditargetkan untuk populasi yang sudah didefinisikan secara spesifik. Hal ini dapat dilakukan dengan cara mengumpulkan data demografi yang dianggap benar dan cocok untuk dijadikan sarana dalam menentukan kriteria sample.
- Berbagai Browser Menampilkan Hasil yang Berbeda: Tidak semua browser dibuat untuk dapat menampilkan hasil yang sama. Betapa pun rapinya website yang kita buat jika dilihat dengan browser di komputer kita belum tentu hasilnya akan sama jika website tersebut dilihat oleh orang lain yang menggunakan komputer dengan browser dari versi yang berbeda. Untuk masalah ini, sampai sekarang belum ada solusinya. Salah satu strategi yang penulis gunakan untuk mensiasati masalah ini ialah dengan menggunakan perintah tabel pada HTML dengan ukuran tidak penuh pada layar monitor (tabel with = 80%), mengunci posisi tampilan ke dalam kolom atau baris tabel dan membuat top alignment pada setiap tampilan dalam kolom tabel